为什么核酸浓度变高了--OD260值的误读

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为什么核酸浓度变高了

OD260值的误读







某日，小新拿出之前提取的DNA想要做实验，测浓度时发现其OD260值比之前测得的数值明显升高，为了严谨，果断拿着样本去跑了电泳，结果发现电泳条带拖尾明显。我们都知道，电泳条带拖尾无非两个原因：一是目的DNA降解拖尾；二是RNA的降解拖尾。小新手中的DNA样本是试剂盒提取的质粒DNA，所以我们几乎可以确定造成这个现象的原因是DNA出现了降解。

OD260吸收值增加和DNA降解有什么必然的联系吗？随即小新又用DNA纯化试剂盒（Simgen Cat. No. 2101050）把这可能是降解的DNA样本重新进行纯化，重测样本的OD260值明显变小了（不是通常的变小10%左右，而是变小了30%以上）。小新忍不住开始猜想：很有可能是降解的小片段DNA在起作用，因为DNA纯化试剂盒不能有效地回收小于100 bp的DNA片段。于是小新迫不及待地设计了一个简单的实验：

样本：新鲜提取的细菌基因组DNA

设备：水浴锅、恒温培养箱、微量紫外分光光度计(simgen)、移液器等。

实验内容：将样本按50μl/支分装在1.5ml离心管中，盖上管盖，分别放置在-20℃冰箱、37℃恒温箱以及56℃水浴锅中，每隔相同的时间用紫外分光度计测定它们的浓度、并记录，最后进行电泳。实验结果如表一：



表一：相同初始浓度DNA在不同温度下温育后的浓度 实验条件

-20℃

37℃

56℃




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起始浓度 1h 2h 3h 5h

电泳图谱如下：

1 2 3

125（ng/μl） 125（ng/μl） 127（ng/μl） 127（ng/μl） 129（ng/μl）

129（ng/μl） 131（ng/μl） 135（ng/μl） 138（ng/μl）

138（ng/μl） 152（ng/μl） 164（ng/μl） 207（ng/μl）

1号为-20℃保存5h 2号为37℃温育5h 3号为56℃温育5h

1.0%TAE凝胶电泳20min

从上图可以看出，1号和2号亮度差别不明显，3号最暗，但是由表一可得56℃温育后的DNA浓度最高。理论上56℃温育后的浓度最高，那么电泳条带也应该最亮，但是为什么测得的浓度和电泳图却对不上呢？我们猜想：这是因为DNA降解后，长的基因组DNA变少导致的，但是3号的拖尾带也并未变亮，可能是因为在高温下时间过长而导致DNA被降解成极短片段的核酸甚至单核苷酸，所以其荧光产率也相对较低而导致拖尾变暗。

为了验证以上猜想，小新立马查找相关文献，并获得了极有价值的以下内容：

表二：不同核酸260 nm处1 OD吸光值的浓度

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